ImageJ - это программа для обработки изображений на основе Java, разработанная в Национальных институтах здравоохранения. ImageJ был разработан с открытой архитектурой, которая обеспечивает расширяемость через плагины Java и записываемые макросы. Плагины пользовательского сбора, анализа и обработки могут быть разработаны с использованием встроенного редактора ImageJ и компилятора Java. Пользовательские плагины позволяют решать многие задачи обработки и анализа изображений.