VMD способен работать с очень большими структурами вплоть до пределов
доступной памяти. 64-разрядные версии VMD позволяют загружать в физическую
память траектории больших и длительных периодов моделирования и размещать
большие объемные наборы данных. Симуляция капсидного ВИЧ на 64 миллиона
атомов, описанная в выпуске журнала Nature от 30 мая 2013 года, является
первоклассным примером того, что можно сделать с VMD на надлежащим образом
оборудованной графической рабочей станции. Модель ВИЧ-1 была подготовлена
​​для моделирования с использованием инструментов построения структуры, а
функции сценариев VMD впоследствии были использованы для анализа траектории.
Полностью атомная структура капсида ВИЧ-1, показанная на обложке Nature, была
визуализирована в VMD с использованием внутреннего механизма трассировки
тахионных лучей, а затем была составлена ​​с художественным представлением
вирусной оболочки и текста обложки Nature.